杨宝峰院士一直从事心血管药物研究。他带领团队历经三十余载，通过对50余种药物进行研究，发现中药复合物靶向性差，疗效较单体弱的原因，找到抗心肌缺血、心律失常药物作用离子通道的特点和规律，并提出离子通道靶点学说，分别编入《离子通道药理学》等专著教材；发现微小核苷酸是调控心肌缺血、心肌纤维化、心肌重构、心律失常发生的新靶点；阐明三氧化二砷毒性反应发生机制并提出防治策略。发表SCI收录论文280余篇，得到国内外同行赞扬。在上述研究基础上，研发出降脂药大明胶囊、术后防粘连用药粘连平和第一代盖中盖等药物已投入市场，目前正在研发1.1类抗肿瘤新药以及降糖降脂药物，获授权专利33项，产生较大经济效益。获2004年国家自然科学二等奖（一等奖空缺，时任国家主席胡锦涛亲自颁奖）、何梁何利基金科学与技术进步奖、教育部自然科学一等奖、黑龙江省最高科学技术奖及首届十佳全国优秀科技工作者荣誉称号。承担国家自然科学基金创新群体项目、重点项目及中国工程院咨询研究重点项目等。杨宝峰院士国际学术影响力大，近五年受邀作国际大会报告15次。